Forschen gehört zur Qualität und umgekehrt: Qualität gehört zur Forschung.
Deshalb unterliegen von der FQS geförderte Projekte bestimmten Kriterien:
Die Förderung der FQS-Forschungsprojekte ist hauptsächlich durch Mittel des Bundesministeriums für Wirtschaft und Technologie (BMWi) sichergestellt: und zwar über die Arbeitsgemeinschaft industrieller Forschungsvereinigungen (AiF), deren Mitglied die FQS ist.
Die Begutachtung eines Forschungsvorhabens erfolgt in zwei Phasen: Durch die Prüfung des Projektvorhabens durch den Forschungsbeirat der FQS und durch die Begutachtung des weitergeleiteten Projektantrags von einer geeigneten AiF-Gutachtergruppe. Einzelheiten zur Beantragung einer Projektfinanzierung (z. B. Laufzeit, Höhe) sind den Guidelines der Antragstellung geregelt.
In gewissen Fällen werden auch Alternativen, z. B. eine Förderung aus europäischen Mitteln in Betracht gezogen. Insbesondere das Programm CORNET im Rahmen der ERANET-Förderung der Europäischen Union stellt eine schnelle und erfolgsversprechende Möglichkeit zur Finanzierung Projektaktivitäten dar.